Planta irregularra (ahate-oina forma): San Salvador elizak oinplano irregularra aurkezten du, ahate-oina edo "palma-formako" egitura batekin. Estilo gotikoaren bereizgarrietako bat proportzioen eta eskakizun geometrikoen erregulartasuna bada ere, eliza honen eraikuntza askatasunez gauzatu izan da beti, hein handi batean Getariako orografiaren konplexutasunagatik. Hego-ekialdeko izkina, elizaren atzealdean, da angeluzuzen baten antzik gehien duen puntua, eta bertan kokatuko litzateke jatorrizko eliza primitiboa.
Eliza hiru nabek osatzen dute, handitze ezberdinen ondorioz. Alboko nabeak, zaharrenak izanik, lehenagoko estilo gotiko batean eraikiak dira; horrek itxura sinpleagoa ematen die, eta ganga laukoitz garbiekin hornituak daude. Hegoaldeko nabea, Kale Nagusira ematen duena eta Epistolaren nabea izenez ezagutzen dena, ziurrenik zaharrena da; litekeena da XIII. mendekoa izatea. Iparraldeko nabea, itsasorantz orientatua eta Ebanjelioaren nabea izenez ezaguna, XIV. mendekoa litzateke. Nabe nagusia azken handitzean eraiki zen osorik, XVI. mendearen erdialdeko itxierako fasean. Nabe honek ganga konplexuagoa du, gotiko berantiarrekoa, izar-itxurako forma, terceleteak eta santu desberdinak irudikatzen dituzten giltzarriekin. Terceleteen arteko tartea (plementuak) harri toba kaltzituarekin betea dago, pumizaren antzekoa, askoz arinagoa eraikuntza osoan erabilitako beste harriak baino. Horri esker, eliza garaiera handiagoz eta horma meheagoz eraiki ahal izan zen, pisu txikiagoa jasanez.
Triforio paregabea (4,5 m-ko altuera, zeharkagarria) San Salvador elizaren elementurik bereizgarrienetako eta gotikoenetako bat bere triforioa da. Elementu arkitektoniko hau nabe nagusiaren hormetan kokatzen da, nabe lateraletara irekitzen diren arkaden gainean, eta bao-lerro batez osatua dago, normalean geminatuak, hormaren lodieran irekiak. Ez da nahastu behar tribunarekin, zeina korridore bat baitzen, erromesak hartzeko edo jende gehiagorentzako lekua eskaintzeko. Triforio hau “estilo klasikoko triforioa” da, baina era berean bakarra da Euskal Herrian. Bere altuera bost vara ingurukoa da (4,5 metro), eta horrek ohiz kanpoko elementu bihurtzen du, Burgosko katedraleko triforioak baino garaigoa izanik. Triforio baten altuera horrenbestekoa izatea ez da ohikoa, elementu apaingarria eta eraikitzeko garestia baita. Gainera, triforio hau korritua da, hau da, bertatik igaro eta elizaren inguruan bira osoa eman daiteke. Uste da, eliza nahi bezala handitu ezin izan zenez, triforio hau agian herriaren ahalmen ekonomikoaren erakusgarri moduan eraiki zela.
Klaristorioa eta beirateak Triforioaren gainean klaristorioa dago, estilo gotiko flamigeroan apaindutako beste elementu bat (izen hori “sugarren antzeko” diseinuagatik jasotzen du). Elementu honek ez du soilik funtzio apaingarria; bere helburu nagusia argia sartzea da. Garai batean eliza askoz argitsuagoa zen, izan ere, gaur egun leiho txiki bat den horren atzean, lehen beirate handi bat zegoen. Zoritxarrez, beirate horiek Kalistaden Gerran kaltetu ziren larriki, eta eliza ia hondatuta geratu zen; ezin izan ziren berreraiki. Leihoak hormatu egin zituzten, eta 90eko hamarkadan irekitzen saiatu baziren ere, beirateak lehengoratzea baztertu zen. Hala, leiho txikiak bakarrik utzi ziren, elementu horien lekuko gisa. Triforioaren antzera, klaristorioa korritua da, eta eliza hiru mailatan zehar ibiltzea ahalbidetzen du.
Nabe nagusian, XVI. mendeko azken handitzean eraikia, gurutze-ganga konplexuagoak ikus daitezke, gotiko berantiarrekoak, izar-itxurako egiturarekin. Gangek alboko arkuak, terceleteak eta lotura-elementuak dituzte. Gakoetan hainbat santu irudikatzen dira. Lehen aipatu bezala, terceleteen arteko tartea (plementuak) harri toba kaltzituarekin betea dago —pumizaren antzeko harri arin bat—, eta horrek estalkiaren pisua arintzen laguntzen du. Horrela, hormak altuago eta meheago eraiki ahal izan ziren, egitura kargari eutsiz.
Arbotanteak elizako gangek sortzen duten pisua sostengatzen laguntzen duten egitura-elementuak dira. Getariako kasuan, arbotanteek elizaren hormak triforioaren altueran eusten dituzte, izan ere, triforioaren garaiera handiak euskarria behar du horren itxura esbelta duten baoak garatzeko. Barnealdetik ez dira ikusgai, baina funtsezko elementutzat jotzen dira egituraren sostenguari dagokionez; are gehiago, Zarauzko jauregiaren barruan arbotante bat ikus daiteke, eliza gehiago handitzea eragotzi zuen pleitu historiko baten ondorioz. Kanpotik begiratuta, arbotanteak dira elizako gotiko estiloko elementu ikusgai bakarrak. Horietako batzuk, egokitzeko, haustura partzialak ere badituzte. Nabe nagusiko hormen esbelteza —20 cm inguruko lodiera baino ez— posible da arbotante kanpokoek gangaren pisua hartzen dutelako.
Elizak desnibel nabarmenak aurkezten ditu bai oinplanoan, bai bere hiru sarbide nagusien artean. Horrek adierazten du zein handiak izan diren tenpluak mendeetan zehar jasan dituen eraldaketak eta lekuaren orografiari egindako moldaketak. Sarrera nagusia Kale Nagusiaren mailan kokatzen da. Gaur egungo portada berantiarra da, estilo errenazentistakoa, elementu barrokoekin hornitua, eta San Salvadorren irudia du zentrotzat. Bigarren ate bat, koruko atea, elizaren atzealdean dago, sarrera nagusia baino 3 metro gorago. Maila horretara egurrezko eskailera batzuez igotzen da. Atea General Arnao kalearen mailan dago. Estilo gotikokoa da, dintel polilobulatuarekin, eta hasiera batean sarrera nagusia izan zela uste da, leku aldaketa jasan aurretik. Iparraldeko atea, itsasorantz ematen duena, sarrera nagusia baino 3 metro inguru beherago dago, Kale Nagusiaren luzapenaren eta portuaren arteko mailan. Dirudienez, hau da bere jatorrizko kokapena mantendu duen ate bakarra. Desnibel horiek zutabeetan ere ikus daitezke: aldarearen inguruko zutabeek basak erakusten dituzte, baina atzealdekoetan basak lur azpian daude. Presbiterioaren izkinetako zutabeetako fusteei erreparatuta, agerian geratzen da elizaren burualde zabalago bat eraikitzeko asmoa izan zela, baina Zarauz familiaren aurkako auzi batek eragotzi zuen.