A partir de mediados del siglo XVIII las intervenciones se limitan a reformas anteriores. A lo largo de los siglos XIX y XX las ruinas del edificio acogieron desde cuarteles para tropas hasta instalaciones de industrias conserveras. En este sentido, para el saladero se construyeron los forjados de hormigón armado y un tejado de uralita, y en la escabechería se habilitó una tejavana.

A finales del siglo XX se realiza una fuerte intervención preventiva, con la intención de detener los efectos de la ruina del edificio y reforzarlo estructuralmente. Para ello se rellena con cemento una gran cantidad de juntas, tapándose de la misma manera la mayoría de los huecos de pequeñas dimensiones. Los huecos de mayor tamaño y los vanos son cegados con cemento y ladrillo hueco. También se procedió al bulonado de las estructuras. Así adquiere el aspecto que presentaba el Zarautz Jauregia hasta hace pocos años.