El muelle ha sido durante siglos el principal motor económico de Getaria. El puerto natural creado por el monte San Anton, que desde época romana permitió el desarrollo de las actividades marítimas, a partir de los siglos XIII y XIV resultaba ya insuficiente. El gran auge de actividades como el comercio y transporte naval o las pesquerías en aguas de Galicia, Islas Británicas o Islandia precisaba de cada vez mayores barcos. En suma, se hacía cada vez más necesario la disposición de muelles adecuados al creciente desarrollo de las actividades marítimas.
Las obras de construcción del muelle arrancaron a mediados del siglo XV. A fin de financiar las obras, el rey Juan II en 1452 concedió a Getaria el permiso para la aplicación de diversos impuestos sobre el comercio que se desarrollaba en el puerto. El resultado fue la construcción de un muelle que durante siglos fue la base del desarrollo económico de Getaria. Estas infraestructuras constaban de dos elementos principales: el muelle propiamente dicho, construido al socaire de la isla de San Anton, y el malecón que unía el muelle con tierra firme, de manera que San Antón dejaba de ser una isla y la bahía de Malkorbe se transformaba en un muelle exterior. El puerto de Getaria se transformó en el principal puerto refugio de Gipuzkoa, aptó para alojar incluso a escuadras enteras de guerra. De hecho, en 1638 la armada francesa trató de apoderarse del puerto pero en el curso de la batalla de Getaria fue rechazado su desembarco.
El muelle, a partir de 1919 ha experimentado diversas ampliaciones hasta adquirir la fisonomía que actualmente presenta. Son aún visibles los restos del primitivo muelle, apoyado en la ladera de San Anton y transformado, en parte importante, en una rampa de calado.