Las excavaciones llevadas a cabo en el solar del Palacio Zarautz en 2006, desvelaron la presencia de un rico yacimiento, ocupado desde el s. II d.C. hasta el s. XX y permitieron, por tanto, reconstruir la historia del lugar a lo largo de 2000 años. Entre los hallazgos destacan los restos de edificaciones de época romana o el conjunto de huesos de ballena, datable en el s. XI, que constituyen la evidencia más antigua de pesca de la ballena en Europa. Diversas intervenciones en el casco y los alrededores de Getaria, emprendidas por varios equipos de arqueólogos, han sacado a la luz otros importantes yacimientos, como las necrópolis altomedievales de la iglesia de San Salvador, la ermita de San Prudencio y la iglesia de San Martín de Tours (barrio de Askizu).